Debutó en el primer equipo del Barcelona el 18 de agosto de 1998, de la mano del entrenador Louis Van Gaal, en el partido de la Supercopa de España ante el Real Mallorca. Ese día fue titular y marcó un gol.​ En la temporada 1998-1999 fue alternando sus actuaciones con el F. C. Barcelona B y con el primer equipo. Debutó en la Primera División de España el 3 de octubre de 1998 en el partido Valencia CF 1 – 3 F. C. Barcelona.

Pese a sus intermitentes intervenciones con los mayores, fue decisivo para que el F. C. Barcelona se proclamase campeón de la Liga española de fútbol, al marcar un gol en el campo del Valladolid que valió la victoria (0-1):11​ el F. C. Barcelona era décimo en la clasificación y, a partir de aquella victoria, inició la remontada con la que acabaría ganando la Liga. Esa Liga fue, por tanto, su segundo título profesional, tras el Mundial sub’20 de 1999 con la Selección Española.

La temporada 1999-2000 fue la de su consolidación: una lesión de Josep Guardiola, que estuvo de baja varios meses, le abrió las puertas de la titularidad. Tras la marcha de Guardiola al fútbol italiano, Xavi se adueñó definitivamente de una plaza en el once titular azulgrana.