Nació el 18 de enero de 1971 en Santpedor (Barcelona). Se inició en el equipo infantil del Fútbol Club Barcelona en 1984. Pasó por todas las categorías del club hasta hacer su debut con su primer equipo en la temporada 1990-1991, cuando Johan Cruyff era su entrenador.

Acarreó la temporada 97, 98 una grave lesión de rodilla que le impidió jugar al futbol.

Su palmarés incluye cuatro títulos de Liga consecutivos (1991-1994), una Supercopa de España (1996), una Copa del Rey (1997), una Copa de Europa (1992), una Supercopa de Europa (1993) y una Recopa de Europa (1997).

Terminado su contrato con el Barcelona, jugó en el Brescia, de la Primera división italiana de fútbol. Dio positivo en el control antidopaje realizado tras el partido Piacenza-Brescia (0-1), del 21 de octubre de 2001 que era el segundo que jugaba en las filas del club bresciano. El centrocampista reafirmó su inocencia diciendo que hace uso de complejos vitamínicos desde que jugaba en el Barcelona.

El 21 de junio de 2007 fue presentado como nuevo entrenador del Barcelona B, equipo filial del FC Barcelona y con que se proclamó campeón de Tercera División, logrando el ascenso a Segunda División B. El 8 de mayo de 2008 fue designado entrenador del Barcelona para la temporada 2008/2009, en sustitución de Frank Rijkaard.

El 19 de diciembre de 2009, el Barça gana el Mundial de Clubes, único título que le faltaba al equipo en toda su historia, y con éste consigue el sexto título de seis a los que aspiraban en 2009. El 8 de enero de 2010 fue elegido mejor entrenador del año 2009 por la Federación Internacional de Historia y Estadística del Fútbol (IFFHS).

En febrero de 2016, el Manchester City hizo oficial el fichaje de Pep Guardiola como nuevo entrenador del conjunto inglés para la temporada 2016/2017. El club propiedad del jeque Mansour bin Zayed bin Sultan Al Nahyan emitió un comunicado en el que informó de la firma por tres temporadas.