Nació el 5 de abril de 1976 en Cilleros, provincia de Cáceres.

A los cinco años, a su padre (guardia civil), le trasladan y se radican en Sonseca, Toledo, donde inició su carrera deportiva hasta llegar a llevar el número 9 del Real Madrid y de la selección española en su espalda, demostrando con sus goles y sus grandes actuaciones que no tenía nada que envidiar a los grandes delanteros europeos.

Hizo su debut en primera división el 7 de noviembre de 1993 con tan solo 17 años en el Albacete Balompié.

Después fue fichado por el Real Zaragoza donde permaneció dos temporadas. Fabio Capello, siendo entrenador del Real Madrid, recomendó su fichaje por el club blanco, que pagó 1.000 millones por hacerse con sus servicios.

Morientes llegó al Real en 1997, anotó más de 100 goles en la Liga Española y ganó tres veces la Liga de Campeones. Su presencia en la cancha se vio limitada desde que llegó al club merengue el brasileño Ronaldo en el 2002.

En su primera temporada en el club madridista consiguió 12 goles y ya empezó a dejar claro que era un grandísimo jugador lo que supuso que se le abrieran las puertas de la selección con la cual debutó el25 de marzo de 1998 en un España-Suecia (4-0), partido amistoso de preparación para la Copa del Mundo de Francia´98.

Fernando Morientes jugó la temporada 2004 en el Madrid. El delantero fue cedido la campaña anterior en el Mónaco ante la falta de sitio en el equipo blanco y aceptó irse cedido una temporada al equipo monegasco.

Nadie podía imaginar que el delantero sería el ‘verdugo’ del Madrid en los cuartos de final de la Liga de Campeones, ni tampoco que el Mónaco acabaría subcampeón de esta competición.

Se casó con Victoria el 23 de diciembre de 1999 en Toledo.

En enero de 2005, el Real Madrid confirmó la venta de su delantero Fernando Morientes al Liverpool por el equivalente a $12 millones.